Тоже стало интересно.
Статья 333.40 НК РФ - Основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины.
1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае:
1) уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено настоящей главой;
Я думаю, это подходит, ведь Вы оплатили больше, чем понадобилось, для совершения регистрационных действий.
3. Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины подается плательщиком государственной пошлины в орган (должностному лицу), уполномоченный совершать юридически значимые действия, за которые уплачена (взыскана) государственная пошлина.
Заявление о возврате излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы.
Не вернут - тогда в арбитраж, наверное.