По той же причине, по которой под любым предлогом отказывают в медотводе. И не делайте вид, что Вы не в курсе. Цель заявлена, задача на вакцинацию поставлена, задача должна быть выполнена. И регистрируют не наши эпидемиологи, иммунологи и прочие, а, как Вы совершенно справедливо заметили, врачи на местах, среди которых, полагаю, не найдётся смельчаков зарегистрировать такой случай. Ибо всё равно появится разъяснение очередного чиновника, что случай с прививкой никак не связан. Примеров уже достаточно много.